El Laboratorio de Microbiología Molecular realiza proyectos que se enfocan en enfermedades infecciosas desde una perspectiva epidemiológica, molecular e inmunológica. Las líneas de investigación incluyen proyectos en enfermedades entéricas causadas, por ejemplo, por la Escherichia coli enterotoxigénica (ETEC) o infecciones respiratorias como la causada por el Mycobacterium tuberculosis.  Tratando de entender los mecanismos de patogenicidad de la bacteria y los mecanismos de resistencia /protección por parte del hospedero. Recientemente, el laboratorio se ha sumado al esfuerzo nacional para el desarrollo y validación de kits de detección del SARS-Cov-2. 

Su importancia se basa en que nuestra unidad aborda problemas que afectan la salud pública de nuestra población y a nivel global, especialmente de la población infantil y vulnerable, desde los aspectos científico-tecnológico y académico, ofreciendo soluciones biotecnológicas. Nuestra investigación se enfoca en el área de enfermedades infecciosas, cuyos resultados son publicados en distintas revistas indexadas nacionales e internacionales, en conjunto con el Laboratorio de Investigación en Enfermedades Infecciosas (LIEI) y con colaboradores internacionales. Como parte de nuestros proyectos de investigación involucramos estudiantes de distintas carreras de pre y postgrado de la UPCH y otras universidades, mediante pasantías o rotaciones y elaboración de tesis, de esta manera contribuimos con la formación de jóvenes investigadores.