El Laboratorio de Biotecnología Ambiental se enfoca en la Investigación y desarrollo de biotecnologías para la recuperación de metales y biorremediación empleando microorganismos, por ello se ha desarrollado procesos de lixiviación bacteriana para minerales y concentrados de diferentes unidades mineras del Perú. En el tema de Biorremediación se ha trabajado en problemas de mercurio, selenio, cadmio, cianuro y arsénico. Asimismo, se han desarrollado estudios con bacterias Sulfato Reductoras en problemas de corrosión y, desarrollo de bioelectricidad a partir de residuos mineros. Actualmente se está investigando en el metabolismo de microorganismos aislados de ambientes mineros para encontrar bioproductos que puedan resolver problemas actuales en salud y otras áreas. Finalmente, este laboratorio brinda servicios de capacitación a universidades y empresas en esta área.

Esta Unidad es importante porque ha sido pionera en el país en brindar servicios asociados a Lixiviación Bacteriana y Biorremediación a las empresas mineras en el país. Asimismo, ha desarrollado técnicas que permiten el aislamiento de microorganismos presentes en la biodiversidad en ambientes mineros y que pueden tener aplicaciones diversas.