El Laboratorio de Genómica Funcional realiza investigaciones que involucran el desarrollo de capacidades y adquisición de herramientas para el estudio de la genómica funcional de plantas de importancia agrícola. Anteriormente se trabajó en la caracterización de la diversidad genética de varias plantas peruanas (piñón blanco, maca, tara, Cedrela). Otros proyectos de investigación han estado relacionados a la genómica comparada de los ecotipos de maca roja y negra, el uso de genotecas sustractivas de ADN complementario para el descubrimiento de genes involucrados en la tolerancia a heladas en papas silvestres y en papa nativa y su aplicación en el mejoramiento para afrontar los efectos causados por el cambio climático, así como el control del ataque del díptero Prodiplosis longifila al cultivo de espárrago (Asparagus officinalis) mediante la ingesta de bacterias productoras de dsRNA dirigidos a genes importantes en sus diferentes estadios. Los intereses actuales de investigación se extienden a la genómica de plantas medicinales y forestales.