La Unidad de Protozoarios y Endosimbiontes Patógenos está dedicado al estudio de Amebas de Vida Libre (AVL) y sus microorganismos intracelulares, la presencia de AVL en suelo y agua, además de enfermedades infecciosas causadas por estas Amebas de Vida Libre. Su principal interés es el estudio de los genomas de estas amebas de vida libre (quimioterapia para protozoarios, genética, y análisis filogenético). Sin embargo, también desean describir los mecanismos de patogenicidad de las clásicas amebas como: Balamuthia mandrillaris, Acanthamoeba sp. [T-4] y Naegleria fowleri.

El laboratorio tiene una función importante para la sociedad y en su conjunto con los grupos de investigación microbiológica. En la actualidad han desarrollado las áreas protozoología básica y de biología molecular para realizar la búsqueda de nuevas especies de amebas de vida libre en nuestro territorio, clasificarlas y establecer un cepario nacional. Esto implica la estandarización de PCR para las principales amebas de vida libre (principalmente patógenas a humanos).