El Laboratorio de Biología Marina mantiene el inventario de especies de peces e invertebrados marinos del litoral peruano, caracterizando su biogeografía, con especial énfasis en el norte tropical. Hasta el momento, se ha obtenido más de 100 nuevos registros para el país y numerosas nuevas especies para la ciencia, 14 de ellas ya publicadas. Las muestras están depositadas en la Colección de Zoología Acuática (CZA) que alberga a alrededor de 1000 especies de macro invertebrados del mar peruano. Se está creando una base de datos de la colección, incluyendo datos de hábitat y biogeografía. Se está apoyando en el proceso de creación de la Reserva nacional del mar Tropical del Perú. Se está elaborando la base de datos de la biodiversidad marina del Perú para el monitoreo de las respuestas de las comunidades biológicas al cambio climático, a eventos extremos de El Niño, y al impacto humano directo. Además, se está estudiando genéticamente a las poblaciones de la concha de abanico en el Perú. Desde octubre de 2019, se han realizado estudios pilotos sobre la diversidad de microorganismos bentónicos en humedales costeros, como la Poza La Arenilla, abriendo una nueva línea de investigación sobre la micro y meiofauna bentónica en ambientes marinos costeros. También se ha iniciado la línea de investigación en genética de la biodiversidad.