La Unidad de Servicio de Control de Calidad realiza análisis y se emite informes de ensayo, técnicos, protocolos de control de calidad de medicamentos de uso humano y veterinario, productos biológicos, cosméticos, dispositivos médicos, plaguicidas e insumos en general, con la más rigurosa objetividad, confidencialidad y seriedad empleando tecnologías de avanzada. 

Los análisis y ensayos de control de calidad son importantes ya que es la forma de garantizar que un producto es conforme con las especificaciones indicadas por el fabricante y que cumpla con las necesidades del consumidor. Los controles de calidad permiten seguir mejorando y perfeccionando el producto, estableciendo niveles de calidad óptimos de producción para la empresa. El Servicio de Control de Calidad realiza los análisis y ensayos, empleando equipos calibrados y personal calificado, usando materiales de referencia primarios de la farmacopea (USP y BP), cepas de referencia ATCC, animales de laboratorio certificados, así como material calibrado. Los análisis son realizados de acuerdo a las obras oficiales, a las técnicas indicadas por el fabricante y aplicando el sistema de calidad basado en la ISO/IEC 17025 y la BPL de la OMS, en cada uno de sus procesos de análisis.