El Laboratorio de Micología Clínica tiene como misión brindar servicios de diagnóstico micológico a los pacientes del Hospital Nacional Cayetano Heredia y a todos aquellos referidos de otros centros hospitalarios del país, capacitar al personal de salud nacional o internacional a solicitud y a alumnos de ciencias de la salud de la UPCH, así como desarrollar investigación de la especialidad con la participación de recursos humanos altamente capacitados y empleando nuevas tecnologías. En este laboratorio se procesan un promedio de 4,000 muestras por año y es considerado un laboratorio de referencia para el diagnóstico de enfermedades micóticas. Desde el año 2005, el Laboratorio de Micología Clínica pasa satisfactoriamente las evaluaciones de desempeño del Colegio Americano de Patólogos, para las pruebas de tinta china, aglutinación en látex para Cryptococcus neoformans e identificación de levaduras y, desde el año 2010 para las pruebas de sensibilidad in vitro para levaduras. Las áreas de investigación están relacionadas a la epidemiología de candidiasis y criptococosis, la detección de resistencia de levaduras y de Aspergillus fumigatus a antifúngicos en la población peruana y a la actividad antifúngica de productos extraídos de plantas.

Asimismo, el personal del laboratorio participa en estudios clínicos de investigación con nuevas drogas antifúngicas.
Su importancia se basa en que realiza investigación con el fin de lograr el conocimiento de la epidemiologia de las enfermedades fúngicas y a su vez, esta información servirá para la detección temprana de la enfermedad y para buscar técnicas que servirán para un diagnostico sensible y rápido. También se realizan estudios clínicos con el objetivo de evaluar la eficacia y la seguridad de antifúngicos nuevos y también de aquellos ya existentes, pero que aún no han sido evaluados en enfermedades micóticas específicas, sobre todo en aquellas huérfanas.

Asimismo, se evalúan productos naturales in vitro buscando nuevas moléculas que sirvan como antifúngicos. Ante el aumento a nivel mundial de hongos emergente patógenos para el ser humano y de la presencia de aislados, tanto de levaduras como de hongos filamentosos, resistentes a los antifúngicos, se ha visto la necesidad de evaluar, con el apoyo de otras áreas de investigación, el diagnóstico molecular de cepas que no pueden ser identificadas por métodos convencionales y de estimar la susceptibilidad in vitro de las especies de Cándida aisladas en diferentes hospitales, a los antifúngicos usados en el Perú.